Kementerian Perhubungan memiliki struktur organisasi yang efisien dan terkoordinasi untuk menjalankan tugasnya. Berdasarkan Peraturan Menteri Perhubungan Nomor 4 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Perhubungan, terdapat beberapa unit organisasi, yaitu Sekretariat Jenderal, Direktorat Jenderal, Badan, Inspektorat Jenderal, Staf Ahli, serta Pusat. Setiap unit ini bertanggung jawab langsung kepada Menteri Perhubungan.

Menteri Perhubungan bertugas merumuskan, menetapkan, dan menjalankan kebijakan di bidang transportasi, yang mencakup pelayanan, keselamatan, keamanan, aksesibilitas, dan konektivitas. Menteri juga memberikan bimbingan teknis dan supervisi pelayanan transportasi di daerah untuk memastikan mobilitas masyarakat dan distribusi barang serta jasa berjalan lancar.

Wakil Menteri Perhubungan membantu Menteri dalam memimpin pelaksanaan tugas kementerian. Tugas dan wewenangnya meliputi membantu perumusan dan pelaksanaan kebijakan, mengoordinasikan pencapaian kebijakan strategis antar-unit organisasi, mewakili Menteri pada acara tertentu, dan menjalankan tugas lain yang diberikan oleh Menteri.

Sekretariat Jenderal (Setjen) bertugas mengoordinasikan seluruh unit organisasi, termasuk dukungan administrasi, penyusunan anggaran, pembuatan peraturan perundang-undangan, dan advokasi hukum.

Kementerian Perhubungan memiliki empat Direktorat Jenderal (Ditjen) yang mengawasi matra transportasi darat, laut, udara, dan perkeretaapian. Masing-masing Ditjen bertanggung jawab menetapkan norma, standar, dan prosedur, serta memberikan bimbingan teknis, supervisi, dan evaluasi layanan transportasi di matranya.

Selain itu, terdapat Direktorat Jenderal Integrasi Transportasi dan Multimoda yang mempunyai tugas menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang integrasi transportasi dan multimoda.

Fungsi pengawasan internal dijalankan oleh Inspektorat Jenderal (Itjen) yang secara rutin melakukan audit, evaluasi, dan pemantauan di lingkungan kementerian. Penelitian dan pengembangan di bidang transportasi ditangani oleh Badan Kebijakan Transportasi untuk memastikan pembangunan transportasi nasional berbasis riset ilmiah.

Pengembangan Sumber Daya Manusia (SDM) yang andal dilakukan melalui Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan (BPSDM), yang menyelenggarakan sekolah tinggi, politeknik, dan pusat pendidikan.

Menteri Perhubungan membutuhkan unit kerja khusus yang bertugas memberikan telaah, masukan, dan rekomendasi. Fungsi ini dijalankan oleh Staf Ahli. Unit kerja ini berisi cendekiawan, akademisi, praktisi, dan profesional di bidang transportasi.

Selain itu Kementerian Perhubungan juga memiliki lima pusat yaitu Pusat Data dan Teknologi Informasi (Pusdatin), Pusat Pengelolaan Transportasi Berkelanjutan (PPTB), Pusat Fasilitasi Kemitraan dan Kelembagaan Internasional (PFKKI), Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional Transportasi, dan Pusat Pembiayaan Infrastruktur Transportasi (PPIT).

Pusdatin bertugas mengoordinasikan, mengelola, mengembangkan, dan menjalankan sistem teknologi informasi dan komunikasi Kementerian Perhubungan, termasuk menyusun rencana kerja, anggaran, serta ketatausahaan di bidang data dan informasi.

Pembangunan perhubungan dan transportasi nasional berdampingan dengan upaya menjaga lingkungan hidup, terutama kemampuan adaptasi dan mitigasi sektor perhubungan terhadap perubahan iklim. Inilah fokus dan tugas utama dari Pusat Pengelolaan Transportasi Berkelanjutan (PPTB).

Pusat Fasilitasi Kemitraan dan Kelembagaan Internasional (PFKKI) merupakan perpanjangan tangan Kementerian Perhubungan dengan warga dunia. Unit kerja ini berperan aktif dalam menghadirkan kerja sama internasional. Mulai dari menjalin kemitraan global, membuka pintu masuk investasi, serta memfasilitasi ratifikasi dan konvensi internasional bidang transportasi.

Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional Transportasi mempunyai tugas melaksanakan penyusunan kebijakan teknis, pelaksanaan, pemantauan, evaluasi, dan pelaporan pembinaan jabatan fungsional bidang transportasi.

Pusat Pembiayaan Infrastruktur Transportasi (PPIT) mempunyai tugas melaksanakan penyiapan penyusunan kebijakan teknis, pelaksanaan, pemantauan, evaluasi dan pelaporan di bidang pelaksanaan sistem dan pembiayaan pembangunan sarana dan prasarana transportasi.